A nova versão do Blender 3d, a 2.46, não funciona nos Windows 98 / Me devido a um arquivo de configuração disponível somente no windows Me (fonte: Blender Nation).

Felizmente um usuário fez uma compilação disponível em sua página neste link. 

Também incluí uma cópia destes arquivos do blender aqui no blendermasters, neste link.